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CreativeBiolabs的DASS在亮氨酸和异亮氨酸之间具有前所未有的完美100准确区别

2022-04-28 来源:内江机械信息网

Creative Biolabs的DASS在亮氨酸和异亮氨酸之间具有前所未有的完美100%准确区别

作为CRO公司拥有超过25年的经验, Creative Biolabs 最近 使用数据库辅助霰弹枪测序(DASS)技术在de novo单克隆抗体测序 领域取得了巨大突破 。DASS从下一代测序(NGS)平台推进,该平台用于测序可变区,可变加前导区,以及所有物种,同种型和同种异型的全长重链和轻链抗体。

单克隆抗体是一种蛋白质分子,在药物和诊断试剂类别中发挥着重要作用中国机械网okmao.com。其主要结构,尤其是其互补决定区(CDR)的氨基酸序列决定了其生物学功能。与传统方法相比,DASS系统可以更快,更准确地分析单克隆抗体的完整序列,为医学研究领域带来了希望。

用于单克隆抗体测序的常规方法包括Edman降解,质谱和传统的 从头 测序。

1. Edman Degradation

已知Edman降解是可以获得N末端突变体或修饰蛋白质的精确序列的经典方法之一。然而,当同时分析多种蛋白质时,该方法效率低且单线程。此外,Edman降解反应对于N-末端封闭的蛋白质仍然不合格,其中α-氨基被乙酰化,甲基化,焦谷氨酰胺等修饰 。 抗体首先在其N-末端用蛋白酶消化。通过高效液相色谱法(HPLC)鉴定每种所得的游离α-氨基酸。经过几轮消化和HPLC鉴定后,确定抗体N-末端的序列。

2.传统质谱

传统的质谱法在当时被认为是一种比较全面的技术,因为它具有高通量和高成本效益。抗体测序质谱法解决了Edman降解过程中遇到的主要问题。然而,该方法仍存在一些不足之处。例如,用户可能会收到错误的结果,这些结果是由于测序不完整,遗传了质谱匹配的肽段,以及突变或未知的修饰。此外,质谱法仅在氨基酸或蛋白质数据库的序列可用时才有效。

3.传统的 De Novo 测序

从传统的质谱法发展而来,抗体 从头 测序可以解决上述两种方法产生的大多数潜在问题。该方法与de novo 算法集成 ,具有进行氨基酸测序和翻译后修饰分析的能力。它依赖于质谱检测中蛋白酶切割肽分子的常规破坏。在找到特定的破损模式后,它可以根据质谱峰之间的质量计算信息。涉及的主要技术是HPLC。然而,该方法仍然受到限制,因为它不能精确地区分同量异位氨基酸的差异,具有完全相同的质量和非常相似的化学特征。

在上述方法中,最棘手的挑战在于区分亮氨酸(Leu)和异亮氨酸(Ile)。没有一种方法可以100%准确地有效识别两种氨基酸之间的差异。互补决定区中随机分配的Ile和Leu从根本上决定了抗体功能。例如,一些抗体可能在6个CDR中的任何一个中不具有任何Leu或Ile,而在一些其他情况下可能总共有9个。平均而言,单个CDR含有至少3至5个Ile或Leu残基。对抗体及其功能进行测序时,研究人员仍然存在问题。结果通常是不精确的,因为只有对齐方法可以推断出它们可能的位置。排序错误可能导致显着不同的绑定行为。甚至一级序列中的一个错位氨基酸也会破坏性地影响最终的抗体结构和功能。因此,迫切需要一种区分Ile和Leu的策略。

凭借积累的经验,Creative Biolabs的科学家们已经解决了上述问题,并开发了数据库辅助霰弹枪测序(DASS)技术,以精确区分亮氨酸和异亮氨酸。DASS是抗体测序历史上第一个突破全球科学家研究单克隆抗体测序的问题。现在可以准确地对CDR中的Ile和Leu进行分类。

单克隆抗体测序通过获得一级抗体序列在增强抗体亲和力和人源化方面起着至关重要的作用,其作为开发抗体仿制药的基础和先决条件。市场上现有抗体产品的直接测序分析是开发抗体药物,抗体诊断试剂和其他抗体产物的捷径。因此,精确鉴定氨基酸的进步可以显着增强精准医学领域。Creative Biolabs开发的DASS通过节省时间和经济成本,改进功能分析和验证,有助于为后续应用构建可靠的功能。

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